No final de 1969, após a realização da Operação GEOMAR I, ocorreu o 1o Encontro de Diretores de Instituições de Pesquisa no Mar, com o intuito de discutir diretrizes para a pesquisa oceanográfica no Brasil, visando elaborar um programa nacional por três anos de atividades (1970 - 1972).  O grupo de trabalho formado e seus pesquisadores delineou os primeiros passos para a implantação do que foi denominado de Programa de Geologia e Geofísica Marinha (PGGM).
     O PGGM foi oficialmente fundado em 1971 e, atualmente, integra uma rede de pesquisadores que engloba 27 instituições acadêmicas e científicas brasileiras, desde o Rio Grande do Sul até o Amapá.
     Ao longo dos últimos 46 anos o PGGM vem contribuindo ativamente na elaboração e execução de políticas públicas, para ampliar o conhecimento da margem continental brasileira e do Atlântico Sul, em seus vários aspectos: científicos, acadêmicos, estratégicos, de soberania nacional, de gestão ambiental, de divulgação e de formação de recursos humanos.
     A atual gestão do PGGM (Biênio 2018-2019) é composta pelo Prof. Dr. Marcelo Sperle Dias (UERJ - Coordenador); e pelo Prof. Dr. Alex Cardoso Bastos (UFES - Vice coordenador).